En el año de 1931 empezó el proceso comunal de construcción de la escuela Ayllu de Warisata. En ese tiempo, este proceso fue muy conocido y causó una expectativa a nivel continental porque se trataba de una forma totalmente diferente de enfocar la enseñanza. No solamente se implementaron nuevos parámetros académicos, sino también se recuperó una forma de vida, bajo las enseñanzas ancestrales de los Andes. La Escuela de la Vida, la enseñanza natural, hablar el lenguaje del Multiuniverso (universo), aprender el lenguaje de las plantas, del viento, de las nubes, de los insectos, del río, de las estrellas, de la vida.

Fue una escuela de convivencia comunal, plenamente bajo los referentes del mundo andino. La lógica que se utilizó para la enseñanza en la escuela Ayllu de Warisata, que duró 9 años, fue una forma práctica de convivir en armonía con todo lo que existe, de entender que todo lo que existe es muy importante para la armonía del todo.

La escuela tenía como objetivo la educación de los indios en su mismo lugar de origen, o sea en el ayllu. Elizardo Pérez no quería que se instalase en un medio de terratenientes. Tenía la idea de que la educación debía responder a las necesidades, es decir que la educación debía superar las condiciones miserables en que vivían, y que superar sus condiciones socio-económicas de alguna manera era liberar al indio. Se fue a Warisata con los maestros de albañilería Manuel Velasco, de mecánica y cerrajería José de la Riva y de carpintería Quiterio Miranda.

Entendía que educación no era solo alfabetizar, pues de ninguna manera hubiera llevado a esos tres maestros, porque además se dio cuenta que debía levantar el edificio de la escuela. Tal vez, pensaba que iba a enseñar construyendo, pero no solo se redujeron a la enseñanza de las técnicas constructivas, sino de las artísticas, extra escolares y a las intelectuales porque realmente se siguió un programa educativo que correspondía a la enseñanza formal que en ese tiempo impartía el Ministerio de Instrucción.

El esquema general con el que funcionó la escuela fue realizado a medida que iba adquiriendo experiencia y en el transcurso de su funcionamiento. La estructura de lo que hoy se llama pensum o contenidos curriculares, tampoco estaba previamente proyectado ni obedecía a cánones preestablecidos, con los datos expuestos. En 1939, fruto de congresos anuales, se aprobó un estatuto para el funcionamiento de las Escuelas Indigenales a nivel nacional, reglamento que en 1940, junto a la caída de Busch, se lo desestimó completamente.

La Educación Formal Indigenal comprendía cinco secciones:

1.- Jardín infantil: edad 4 a 7 años, duración 3 años.

2.- Prevocacional: de 7 a 10 años, duración, 3 años.

3.- Vocacional: de 10 a 13 años, duración de 3 años.

4.- Profesional.