Durante la Colonia, España, para hacer frente al expansionismo portugués, faculta a la Real Audiencia de Charcas, para que tenga jurisdicción sobre las regiones de Moxos y Chunchos. La penetración de los españoles en la región, resultó frustrada por las condiciones naturales adversas. Lo mismo ocurrió con los intentos iniciados por grupos religiosos en 1586.

En 1597, la Corona de España encomienda a la Orden de la Compañía de Jesús, la fundación de misiones entre la población nativa. Este proceso se inicia con la llegada de los Jesuitas a la región habitada por los Moremonos en 1675.

En base al acercamiento pacífico y a pequeños obsequios consiguen fundar en 1682, la primera misión, con el nombre de Nuestra Señora de Loreto.

En 1686, el padre Cipriano Barace funda la Segunda Misión, con el nombre de Santísima Trinidad. Bajo la dirección de los padres jesuitas, los nativos se dedicaban a la agricultura y a la ganadería. También producían telares y objetos de alfarería en cantidades suficientes como para abastecer a toda la región. La prosperidad existente, que consolidaba la presencia y la conquista española, se corta a partir de 1767, cuando se expulsa a la Orden de la Compañía de Jesús de España y de todas sus colonias.

A partir de esa época la ganadería ha sido la actividad predominante en Beni.