Introducida a comienzos del siglo XVII por los jesuitas, la ganadería se constituye en la actividad económica más importante del departamento.

Se trata de una ganadería extensiva que ocupa la sabana natural y su gran diversidad de pastos naturales, para la producción principalmente de carne. Hay más de tres millones de cabezas de ganado en el Beni. La agricultura es apenas para la subsistencia de la población en el área rural.

Aunque el clima es favorable, los suelos no son muy productivos. Los cultivos principales, algunos de estos originarios de la región, son la yuca, maíz, plátano y arroz. En los bosques del norte y este del departamento se recolecta la castaña o almendra. Beni es el principal productor mundial.

La pesca representa otra importante actividad económica, para la venta al interior y exterior del país.