En las dos gestiones del presidente Evo Morales (2006-2012), cinco gobernadores (prefectos) de la oposición al gobierno de Evo Morales (La Paz, Cochabamba, Pando, Tarija y Beni) fueron destituidos de sus cargos, dos en elecciones democráticas y tres por procesos judiciales. De estos, tres están fuera de Bolivia, uno en la cárcel, acusado de la muerte de 15 campesinos en Pando y un exgobernador a la espera de procesos.

Según informes de opositores la persecución política en Bolivia se ha intensificado desde la reelección de Evo Morales (enero 2009) y se encuentran más de 150 personas fuera del país que están en Perú, España, Paraguay, Brasil, Estados Unidos y otros países.

Tras perder el referendo revocatorio del 10 de agosto de 2008, el exprefecto y jefe político del PPB-CN, José Luis Paredes, salió del país en diciembre de 2009 rumbo a la Argentina, por lo que la Fiscalía exigió declaratoria de rebeldía. Se presume que está en Estados Unidos. Es acusado de enriquecimiento ilícito y contratos lesivos al Estado.

Reyes Villa, también perdedor del revocatorio en 2008, salió del país el 14 de diciembre de 2009 y ahora vive en Miami, Estados Unidos. Tiene cerca a una decena de acusaciones por actos de corrupción y malversación de fondos en su administración como prefecto de Cochabamba.

En tanto que el exprefecto de Pando, Leopoldo Fernández, quien fue ratificado en el revocatorio en agosto de 2008, está recluido en el penal de San Pedro de La Paz desde octubre de 2008, acusado de la muerte de 15 campesinos. El gobernador suspendido de Tarija por juicios, Mario Cossío, salió del país en diciembre de 2010 rumbo a Paraguay, y en enero de 2011 logra el asilo político.

El exgobernador tarijeño es acusado de una veintena de delitos lesivos al Estado, en abuso de su cargo público y debe responder por 27 procesos, según las autoridades bolivianas.

El gobernador del Beni, Ernesto Suárez, reelegido el 4 de abril de 2010 fue suspendido en diciembre de 2011 por una acusación formal en su contra por la adquisición, supuestamente irregular, de motores de luz para la población de San Borja. Tras estar suspendido renunció al cargo en mayo de 2012 para dar lugar a las elecciones el 20 de diciembre de 2013.

ANTE LA JUSTICIA En La Paz, el exvicepresidente Víctor Hugo Cárdenas fue enjuiciado, su casa fue asaltada por grupos afines al gobierno del MAS y su familia golpeada. El alcalde de La Paz, Luis Revilla, el excandidato a la presidencia, Samuel Doria Medina y el exaliado del Gobierno, Juan del Granado, también han sido enjuiciados.

En Pando, la expresidenta del Comité Cívico, Ana Melena y otros cien ciudadanos han sido reconocidos como refugiados políticos en Brasil.

También, el senador Roger Pinto que desde mayo pasado se encuentra refugiado en la Embajada de Brasil a la espera del salvoconducto del Gobierno boliviano para salir hacia Brasil.

En Sucre, el alcalde Jaime Barrón ha sido obligado a renunciar de su cargo por el acoso judicial, el cual también sufrió la exgobernadora Sabina Cuéllar y el presidente del Comité Cívico John Cava, estas tres personas enfrentan un proceso por la humillación y torturas a campesinos.

En Santa Cruz, el gobernador Rubén Costas, enfrenta varios juicios, la mayoría de ellos por el delito de desacato, por haber hecho críticas a las autoridades del gobierno del MAS y por el uso ilegal de fondos en el referendo autonómico.

A esto se suma una veintena de opositores que promovieron la toma de entidades estatales y la presunta división del país a través de terrorismo en el caso Rósza, a la cabeza del expresidente cívico Branko Marinkovic.